Vào tháng 4 năm 2015, Malta đã trở thành quốc gia đầu tiên trên thế giới đặt ra ngoài vòng pháp luật triệt sản và phẫu thuật xâm lấn vào người liên giới tính. Ngoài ra, người nộp đơn có thể thay đổi tài liệu nhận dạng giới tính bằng cách nộp đơn yêu cầu công chứng mà không có bất kỳ yêu cầu nào về thủ tục xác định lại giới tính y tế.[11][90][91]

Đạo luật Bản dạng giới, Biểu hiện giới tính và Đặc điểm giới tính, được Nghị viện phê chuẩn năm 2015, cũng cấm phân biệt đối xử dựa trên các đặc điểm giới tính do đó bảo vệ người liên giới khỏi sự phân biệt đối xử.[11][90][96]

Hộ chiếu Malta, chứng minh thư và giấy tờ tùy thân khác do chính phủ cấp đã có sẵn với chỉ định giới tính "X" kể từ năm 2017.[97]